Sekolah Menengah Kebangsaan Bandar Enstek (SMKBE) telah dibina pada tahun 2013. Sekolah ini dibina di atas kawasan seluas 10.36 ekar di Bandar Enstek. Terdapat tujuh blok bangunan yang menempatkan bangunan pentadbiran, bengkel, bilik pdpc, kantin, bilik kendiri, bilik-bilik khas, makmal, perpustakaan, dewan terbuka dan surau. Pada awalnya sekolah ini diuruskan oleh Encik Mansor bin A.Wahab  mulai  17 September 2015  sebagai “caretaker” sehinggalah  sekolah mula beroperasi. Pejabat sekolah mula beroperasi pada 1 September 2015. Pengurusan sekolah dibantu oleh dua orang staf pejabat iaitu Puan Nor hidayu bt Yaman sebagai Pembantu Tadbir dan Puan Siti Habsah Bt Kasim sebagai Pembantu Operasi mulai 1 September 2015. Pada peringkat permulaan, hanya ada empat kelas tingkatan 1 dan dua kelas tingkatan 2 dibuka dan bilangan murid seramai 223 orang telah mendaftar di sekolah ini pada tahun 2016.

​

Pihak pentadbiran dan  pengurusan  mula mendaftar di sekolah ini pada 4 Januari 2016 iaitu Pn Nor Hasliza bt Omar sebagai GPK Pentadbiran, Datin Hajah Salina bt Ismail sebagai GPK HEM, Encik Mohd Zabidi bin Zainudin sebagai GPK Kokurikulum, Encik Mohd Zain Zainal sebagai Guru Kanan Mata Pelajaran Teknik dan Vokasional. Encik Mansor bin A. Wahab  iaitu ‘caretaker’ sekolah juga telah dilantik sebagai Guru Kanan Mata Pelajaran Kemanusiaan pada tarikh yang sama. Seterusnya, pada 15 Januari 2016, Puan Hjh Samsiah bt Mohd Shariff  mula mendaftar di sekolah ini  sebagai pengetua yang pertama. Pada 16 Jun 2016 Guru Kanan Bahasa, Puan Mas Ayu binti Mustapa dan Guru Kanan Matematik dan Sains Puan Shaliza binti Mohd Yusof melapor diri ke sekolah ini. Bilangan tenaga pengajar yang telah mendaftar di sekolah ini sehingga akhir tahun 2016 ialah seramai 18 orang termasuk pentadbir.

 

Pada awal penubuhan anggota kumpulan pelaksana terdiri daripada oleh 2 orang staf pejabat ditambah lagi dengan seorang pembantu makmal. Sekarang tenaga pengajar adalah seramai 40 orang dan empat orang anggota kumpulan pelaksana iaitu 2 orang  di pejabat dan 2 orang  pembantu makmal. Pada tahun 2018, bilangan kelas meningkat ke 18 buah kelas dan jumlah murid meningkat menjadi 536 orang.  Semenjak ditubuhkan, sekolah ini telah menyaksikan  kejayaan demi kejayaan mula dilakarkan oleh murid- murid sekolah ini. Berikut disenaraikan lanskap kejayaan-kejayaan yang telah dicapai oleh sekolah di bawah kepimpinan pentadbiran  pengetua yang berdedikasi.